Изетбегович умер в сараевской больнице, куда был доставлен еще 10 сентября с диагнозом: контузия головы и перелом четырех ребер. Эти повреждения первый председательствующий Президиума БиГ (высший орган власти страны) получил в результате нечаянного падения в своем доме.
В историю Изетбегович войдет в качестве одного из трех лидеров народов бывшей СФРЮ, который осенью 1995 года поставил свою подпись под Дейтонскими мирными соглашениями, положившими конец войне в государствах, образовавшихся на обломках титовской Югославии. Еще один участник тех событий - первый хорватский президент Франью Туджман - умер несколько лет назад. А над единственным ныне здравствующим "гарантом мира на Балканах", как нередко тогда его называли международные представители, бывшим президентом Югославии Слободаном Милошевичем продолжается суд в Международном трибунале в Гааге.
И все же для сербского населения Алия Изетбегович останется олицетворением исламского фундаментализма. Будучи еще студентом, он много времени посвятил религии. Во времена Тито был осужден за распространение фундаментализма. В ноябре 2001 года власти Республики Сербской, входящей в состав БиГ, направили в Гаагский трибунал объемный документ, обвиняющей Изетбеговича в причастности к преступлениям, совершенным "воинами ислама" в ходе боснийской войны против сербов. Ответа на эти обвинения нет до сих пор.