Отставка В.Прохоренко, занимавшего кресло главы местной администрации в течение 10 лет, была вызвана неспособностью справиться с тяжелыми последствиями стихийного бедствия, обрушившегося на Новороссийск в августе. Тогда в городе и прилегающих к нему курортных районах произошло катастрофическое наводнение, вызванное несколькими мощными смерчами. Погибло около 100 человек, но точное число не известно до сих пор, так как еще велик список "пропавших без вести", и водолазы по сей день ищут в море тела. 230 семей лишились крова, но только 12 из них получили к ноябрю новое жилье.
Впрочем, противостояние между молодым, активным губернатором и В.Прохоренко существовало еще до катаклизма. Александр Ткачев даже предъявлял ультиматум новороссийскому мэру: если в экономике города не произойдут радикальные перемены, то его отправят в отставку. Краевые власти были недовольны слабой собираемостью налогов в Новороссийске. Прохоренко держался, пока не налетел смерч.
Генеральная прокуратура России возбудила против него уголовное дело по статье 293 УК РФ, предусматривающей наказание до 5 лет лишения свободы за халатное отношение к своим обязанностям. Валерий Прохоренко обвиняется в том, что не предпринял мер, которые могли бы свести к минимуму последствия разгула стихии. Последней "соломинкой", за которую он хотел ухватиться, была возможность стать депутатом краевого Законодательного собрания, но в прошлое воскресенье все для него рухнуло: выборы Прохоренко проиграл с треском. На следующий день он сам привез в Краснодар прошение об отставке.