Ñàóäîâñêèé ñïåöíàç, ïî íåïîäòâåðæäåííûì äàííûì, ïîëó÷èë äåòàëüíûå èíñòðóêöèè è ðåêîìåíäàöèè îò ðîññèéñêèõ êîëëåã ïî íàèëó÷øåìó ñïîñîáó ïðîíèêíîâåíèÿ â ñàìîëåò Òó-154. Ñîòðóäíèêè ÔÑÁ è àíòèòåððîðèñòè÷åñêîé ãðóïïû "Àëüôà" íà ïðîòÿæåíèè 10 ÷àñîâ "ñêà÷èâàëè" èíôîðìàöèþ íà ñïåöèàëüíî îòêðûòûé äëÿ ýòîé öåëè ñàéò (ñòðàíèöó) â Èíòåðíåòå.
Ïàðàëëåëüíî ñàóäîâöû ïðîâîäèëè ó÷åáíóþ òðåíèðîâêó â óñëîâèÿõ, êàê îáû÷íî ãîâîðÿò, ìàêñèìàëüíî ïðèáëèæåííûõ ê ðåàëüíîñòè. Îíè ðàçóìíî âîñïîëüçîâàëèñü òåì, ÷òî â îäíîì èç àýðîïîðòîâ (ïðåäïîëîæèòåëüíî â Òóðöèè) íàõîäèëñÿ â ýòî âðåìÿ àíàëîãè÷íûé ñàìîëåò àâèàêîìïàíèè "Ñèáèðü".
Ìåæäó òåì â ïîäãîòîâêå îïåðàöèè ïî çàõâàòó òåððîðèñòîâ, êîòîðàÿ äëèëàñü âñþ íî÷ü è ïåðâóþ ïîëîâèíó ïÿòíèöû, ïîìèìî ÔÑÁ, ó÷àñòâîâàëè ÌÂÄ è äðóãèå ñèëîâûå âåäîìñòâà, à òàêæå ÌÈÄ è ðóêîâîäñòâî "Âíóêîâñêèõ àâèàëèíèé". Ïîäðîáíûé èíñòðóêòàæ ïðîâåëè è äëÿ ïèëîòîâ, ïîêèíóâøèõ áîðò ïåðåä íà÷àëîì ñïåöîïåðàöèè. Êàê çàÿâèë ïåðâûé çàìåñòèòåëü äèðåêòîðà ÔÑÁ Âëàäèìèð Ïðîíè÷åâ, "ñïëàíèðîâàííàÿ îïåðàöèÿ ñ ïðèâëå÷åíèåì ýêèïàæà áûëà ïðîâåäåíà ñ íàøåé ñàíêöèè".