Не отчаивайтесь - законы для всех одни, так что смело подавайте на директора в суд. На основании ст. 234 ГК РФ суд должен признать за вашей матерью право на занимаемую ею квартиру на основании приобретательной давности. Вот что сказано в этой статье: "Гражданин или юридическое лицо, не являющееся собственником имущества, но добросовестно, открыто и непрерывно владеющее им как своим собственным недвижимым имуществом в течение 15 лет, ... приобретает право собственности на это имущество". Вот это на юридическом языке называется "приобретательной давностью". И еще: "Лицо, владеющее имуществом как своим собственным, имеет право на защиту своего владения против третьих лиц, не являющихся собственниками имущества, а также не имеющих прав на владение им в силу иного предусмотренного законом или договором основания". Все это можно полностью отнести к вашему случаю.
Что касается срока владения имуществом (то есть квартирой), то он у вас более чем достаточен. И даже в том случае, если, не дай Бог, ваша мама не доживет до успешного завершения дела, закон встанет на вашу защиту, так как вы являетесь правопреемницей "лица, в течение 15 лет (а в вашем случае втрое дольше. - М.Т.) владеющего имуществом как своим собственным".
Если суд первой инстанции не признает вашего законного права, то надлежит обратиться в вышестоящие суды - дело ваше выигрышное, так что не отступайте.