Он прославился еще в 1940-е, когда вместе с композитором Джоном Кейджем увлекся сочинением танцев с помощью бросания костей, что, как он считал, спасало от стереотипов. В композициях Каннингема поражало то, что части тела двигались словно независимо друг от друга. В 1990-е он первым использовал для сочинения хореографии компьютер. По завещанию после его смерти труппа Merce Cunningham Dance Company должна уехать в двухлетний тур, а потом прекратить существование.