Перестройка музея продолжалась около 10 лет. Деньги собирались в основном из добровольных пожертвований многочисленных еврейских диаспор, разбросанных по всему миру. Само здание музея было спроектировано израильским архитектором Моше Сафди. Выставочная экспозиция имеет уникальный "Зал имен", на стенах которого написаны фамилии трех миллионов жертв Холокоста и вывешены около 600 их фотографий. Комплекс также включает в себя синагогу, образовательный центр и видеозал. Цель музея, по словам его куратора Йехудита Инбара, состоит в стремлении установить и сохранить личность каждой жертвы. Для этого в экспозицию были включены дневники, письма и другие личные вещи погибших.
На церемонии открытия музея присутствовало более 40 представителей различных государств и международных организаций. Открыл церемонию президент Израиля Моше Кацав. С речами выступили также генсек ООН Кофи Аннан, секретарь Совета безопасности РФ Игорь Иванов, представители Франции, Германии, США, Швейцарии и других стран. Об участии Латвии в церемонии открытия музея не сообщается.