Губернатор Владимир Яковлев доверял своему первому заму самые ответственные дела, по которым обычно судят о состоятельности самого градоначальника. Малышев отвечал, например, за строительство Ледового дворца к мировому хоккейному чемпионату-2000; за проведение в Петербурге учредительного съезда движения "Отечество - Вся Россия".
Финансирование этого съезда заинтересовало в конце девяностых Генеральную прокуратуру. Было установлено, что деньги, на которые он проводился (сумма исчислялась в миллионах рублей), проведены некой в срочном порядке созданной фирмой через целый ряд мелких подставных фирм и взяты, по версии следствия, из городского бюджета. Главным организатором "финансового процесса" в правоохранительных органах считали Малышева. Однако хода этому делу дано не было, едва "раскрутив" его, прокуратура дело закрыла "за давностью лет".
Чуть позже история повторилась, когда в поле зрения органов правосудия попал Строительно-промышленный банк. Весьма двусмысленно звучала фамилия вице-губернатора и в связи с убийством осенью 1999-го депутата Законодательного собрания северной столицы Новоселова, который, как утверждала молва, был какой-то сложной интригой связан с В.И. Малышевым...
Малышев курирует самые больные для города проблемы -дороги, связь, спорт. Среди спонсоров очень многих спортивных соревнований, причем как престижных международных, так и малозначащих, "районного" масштаба, часто выступал Эксим-банк. Именно там, как считает теперь следствие, Малышев взял крупный кредит для оплаты своей мебели и мобильной связи. То есть взятка в крупных размерах, которая инкриминируется ему, получена не в буквальном смысле, а через этот кредит.
Каких-либо комментариев в связи с предъявленными ему обвинениями вице-губернатор давать прессе не стал. Отказался от них и его адвокат, заметив лишь, что "обвинение с его подопечного, скорее всего, скоро снимут за недоказанностью". Пресс-секретарь губернатора Яковлева Александр Афанасьев был более словоохотлив: "Мы готовы оказать следствию любую необходимую помощь, чтобы только побыстрее внести ясность в этот вопрос, - сказал он. - Лично у меня нет сомнений в невиновности Валерия Ивановича".
Как бы там ни было, разразившийся скандал, без сомнения внесет заметные коррективы в расстановку политических сил в Петербурге. Ведь Валерия Малышева считали едва ли не самым верным кандидатом на пост губернатора на выборах 2004 года.