Уголовное дело против него было возбуждено отделом по расследованию особо важных дел Следственного управления СК по Ставропольскому краю.
По версии следователей, Бестужий пытался получить 50 млн рублей от некоего бизнесмена за оформление тому в аренду земельного участка площадью 5 га в черте города. Как заявил официальный представитель Следственного комитета Владимир Маркин, в суд направлено ходатайство об избрании Бестужему меры пресечения в виде заключения под стражу.
За последние два года глава администрации Ставрополя дважды становился героем уголовных дел. Первый раз он был обвинен в декабре
Второе уголовное дело было открыто осенью 2011 года. В нем Игорь Бестужий обвинялся в незаконном банкротстве сельхозпредприятия «Заря+», к которому он имел непосредственное отношение, еще будучи в должности министра имущественных отношений Ставропольского края.